แม้ว่าทั้งไอโซโพรพานอลและเอทานอลไอโซโพรพานอลจะประกอบด้วยคาร์บอน ไฮโดรเจน และออกซิเจน แต่โครงสร้างโมเลกุลของพวกมันต่างกัน ไอโซโพรพานอลมีสูตรโมเลกุล CH3CH2CH2OH ทำให้เป็นสารประกอบอินทรีย์คาร์บอนสาม-อิ่มตัว ในขณะที่ไอโซโพรพานอลเอทานอลมีสูตรโมเลกุล (CH3)2CHOH ทำให้เป็นสารประกอบอินทรีย์ที่มีอะตอมของคาร์บอนไครัลหนึ่งอะตอม
จุดเดือดแตกต่างกัน: ไอโซโพรพานอลเดือดที่ 97.2 องศา ในขณะที่ไอโซโพรพานอลเอทานอลเดือดที่ 82.4 องศา ที่อุณหภูมิห้อง ไอโซโพรพานอลเป็นของเหลวใสไม่มีสี ในขณะที่เอทานอลเป็นของเหลวสีเหลืองอ่อน
ความสามารถในการละลายแตกต่างกัน: เนื่องจากโครงสร้างโมเลกุลต่างกัน ไอโซโพรพานอลและเอทานอลจึงละลายได้ต่างกัน ไอโซโพรพานอลมีความสามารถในการละลายน้ำได้ 10.6% (โดยปริมาตร) ในขณะที่ไอโซโพรพานอลของเอทานอลมีความสามารถในการละลายได้สูงกว่าถึง 50% (โดยปริมาตร)
ความเป็นกรด/ความสมดุล: ทั้งไอโซโพรพานอลและเอทานอลเป็นแอลกอฮอล์ที่มีความเป็นกรดปานกลางและสามารถเกิดปฏิกิริยาเบส-แบบเร่งปฏิกิริยาได้
